Las Marismas de Santoña constituyen un rico y singular ecosistema, refugio para más de 120 especies de aves migratorias. Esta zona también es valiosa por sus encinares, matorrales, praderías, pastizales, playas y dunas de gran trascendencia.

Se ha visto afectado por el crecimiento urbano y la acción del hombre. Recuperar su estado natural se convirtió en objetivo prioritario para el Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino, que se propuso abordar las obras de Saneamiento General de las Marismas de Santoña.

El proyecto consiste en la recogida, tratamiento y posterior vertido al mar de las aguas residuales generadas en la cuenca del rio Asón, creando una red de colectores que captará vertidos de las poblaciones y los dirigirá a una depuradora. El Emisario Submarino de Berria, construido por el Grupo OHL, constituye el circuito por el que irán al mar las aguas residuales una vez depuradas.

Las duras condiciones climatológicas del mar Cantábrico a las que el Emisario iba a estar expuesto tanto en su ejecución como durante su vida útil, significaron un importante reto en su diseño y construcción, sin perder de vista los objetivos de la preservación de los ricos ecosistemas del área. El equipo de obra no sólo consiguió cumplir estas metas, sino que además logró construir un emisario, que hoy por hoy es record nacional en longitud y diámetro de emisarios submarinos proyectados en mares expuestos.

Se describen a continuación las razones que permiten valorar el encaje del Emisario con su medio ambiente: 

• El proceso de depuración de las aguas residuales, iniciado en la depuradora, se completa en el mar abierto, considerado como un gran reactor biológico.
• El Emisario sólo aflora a la superficie en la cámara de carga, manteniendo así la riqueza ambiental y biológica de la zona.
• El diseño innovador y modelización del tramo final del emisario, es fundamental para que se complete dicho proceso.
• El Emisario sólo aflora a la superficie en la cámara de carga, manteniendo así la riqueza ambiental y biológica de la zona. El diseño de la cámara de carga se ha realzado con formas cúbicas para permitir valorizar el paisaje. 
• La restauración paisajística incluye la regeneración dunar y la correcta integración en el medio natural.
• La tecnología y métodos utilizados, sustituyendo a la tecnología convencional, han permitido preservar la biodiversidad, los ecosistemas y el paisaje, destacando los siguientes logros:
  • Afección ambiental nula en 25.000 m2 de zonas intermareales y costeras, protegiendo la turbera y bosque fósil de tocones y la zona de playa al realizar túneles mediante hinca.
  • Reducción en 1/3 de la superficie de fondo marino afectado y en 1/3 del volumen de aporte de áridos para protección de tubería.
• Homogeneidad del vertido gracias a la modelización del tramo difusor que permite la protección de la calidad del agua y de la biodiversidad marina.
• Remolque del total de la tubería en un único trayecto (6 tramos de 500 m)  por vía marítima, protegiendo la calidad del aire.